El microbioma humano

Guillermo Cárdenas Guzmán

Ilustración: Raúl Cruz / Foto: Arturo Orta

Los microbios benignos que nos habitan cumplen una variedad muy amplia de funciones indispensables para nuestra supervivencia y nuestra salud. Recientemente se publicó el catálogo más completo hasta ahora de estos microorganismos y los genes útiles que nos aportan.

El cuerpo humano es un territorio mucho más densamente poblado que una metrópoli como la Ciudad de México, en la que habitan unas 5 900 personas por kilómetro cuadrado. Sin pasar de la piel, en nuestro cuerpo podemos encontrar una gran variedad y un inmenso número de microorganismos, principalmente bacterias. En cada centímetro cuadrado de la superficie de la piel hay unas 10 000 bacterias. Si tomamos una muestra más profunda, por ejemplo al nivel de los folículos pilosos, encontraremos aproximadamente 1 000 000 de bacterias por centímetro cuadrado. Al añadir los microorganismos que viven en la boca, la nariz, el tracto digestivo y los genitales, obtenemos una cifra aún más sorprendente: se estima que el organismo humano alberga unos 100 billones (millones de millones) de microorganismos. Es difícil visualizar la magnitud de esta cifra. Pongámosla en perspectiva: este número equivale a 10 veces el número total de células humanas de tu organismo. No obstante, debido a que son mucho más pequeños que una célula, esos inquilinos aportan sólo del 1 al 3% de nuestra masa corporal: un individuo de 70 kilogramos de peso lleva a cuestas, en la piel y en las entrañas, entre 700 gramos y dos kilogramos de bacterias.

Metagenómica

Los humanos estamos, pues, atiborrados de bacterias, pero no hay motivos para alarmarse ni ir corriendo al médico, pues estos microbios no son dañinos. Al contrario: las numerosas y diversas comunidades de bacterias que habitan en el cuerpo de una persona común cumplen funciones benéficas e importantes para la vida y la salud. Entre ellas está la de algunas que nos ayudan a controlar las poblaciones de microorganismos patógenos; esto es, causantes de enfermedades, que también llevamos en el cuerpo.

Desde hace unos años, esas comunidades bacterianas empezaron a verse como auténticos ecosistemas. Un ejemplo es el artículo publicado en la revista Journal of Investigative Dermatology Symposium Proceedings en 2001, del investigador David N. Fredricks, de la Escuela de Medicina de la Universidad de Stanford. Él señala que el ecosistema del suelo es una buena analogía del ecosistema de la piel humana y que en este último hay múltiples nichos: “la axila puede ser tan diferente del tronco como una selva tropical de un desierto”.

Pero, ¿cómo conocer la identidad y fisiología de nuestras bacterias, si son tan numerosas y variadas? El método tradicional para identificar y estudiar microorganismos relacionados con el cuerpo humano ha sido aislar o separar las bacterias de las muestras y cultivarlas en el laboratorio. Así se ha logrado identificar cientos de especies de bacterias tanto benéficas como patógenas. Pero dada la enorme cantidad de especies bacterianas que existen, esa labor puede resultar lenta y costosa. Además, no es sencillo determinar cuáles son las condiciones óptimas de cultivo, como temperatura y tipo de nutrientes, que las bacterias requieren (ver ¿Cómo ves? No. 152). Se estima que de todas las especies de bacterias que existen en el planeta, se han cultivado menos del 1%. Y esta cifra podría ser similar en lo que respecta a las bacterias de nuestro cuerpo.

Por fortuna, ya contamos con técnicas que permiten analizar muestras de comunidades de organismos sin tener que cultivarlos por separado. En vez de identificar bacterias al microscopio o a partir de las sustancias que desechan, se analizan los genes que contiene una muestra mezclada de microorganismos y tejido humano. Estas nuevas técnicas —parecidas a las que se emplearon para descifrar el genoma humano, la secuencia de letras genéticas que forman nuestro ADN—, se utilizan en una joven área de investigación llamada metagenómica (ver ¿Cómo ves? No. 37). En ella se inscribe el Proyecto del Microbioma Humano (PMH), que el pasado junio dio a conocer la recuperación e identificación de más de 5 000 000 de genes bacterianos que estaban mezclados con los humanos. El término microbioma lo acuñó en 2001 Joshua Lederberg, biólogo molecular estadounidense que fue uno de los tres investigadores que obtuvieron en 1958 el Premio Nobel de Medicina; a él se lo otorgaron por sus estudios genéticos en bacterias. Originalmente, “microbioma” se refería al conjunto de genes de nuestros microorganismos comensales que forman la microbiota, pero hoy en día ambos términos se usan como sinónimos.

El PMH es un programa de investigación que se inició en 2007 con el objetivo de construir un catálogo o mapa genético de los microorganismos que pueblan el cuerpo de un adulto saludable. Lo opera un consorcio de 250 científicos de casi 80 centros de investigación de Estados Unidos coordinados por los Institutos Nacionales de Salud de ese país. El PMH publicó sus hallazgos en una serie de artículos en la revista Nature y en revistas de la Biblioteca Pública de Ciencia (PLoS, por sus siglas en inglés). Los científicos del proyecto obtuvieron un catálogo del material genético de bacterias, virus y otros microorganismos tomados de partes distintas del cuerpo de 242 voluntarios sanos (129 hombres y 113 mujeres). Las muestras provenían de la mucosa de la boca, la lengua, el paladar, la faringe, las anginas, las encías, la parte posterior de las orejas, las axilas, la parte interior del codo, la nariz y distintas partes de la región vaginal en las mujeres. También se tomaron muestras de excremento para estudiar los microorganismos del tracto digestivo.

En palabras de los autores de los artículos del PMH, los datos obtenidos en conjunto representan el mayor recurso hasta ahora “que describe la abundancia y variedad del microbioma humano, al tiempo que proporciona un marco de referencia para estudios actuales y futuros”.

Bichos benignos

Los microorganismos que nos habitan aportan beneficios que jamás se habrían imaginado ni los más creativos anunciantes de cremas rejuvenecedoras. Para distinguir a los bichos benignos de los patógenos, los investigadores llaman a los primeros comensales (que literalmente quiere decir “personas que se sientan a comer a una misma mesa”). Algunos de estos comensales se alimentan de las secreciones grasosas de las células de la piel y producen una capa humectante que mantiene la piel flexible y evita que se agriete. Así, muchos microbios patógenos que nos podrían invadir por las grietas de la piel no pueden penetrar en el organismo.

Nuestros huéspedes microscópicos también generan vitaminas y sustancias antiinflamatorias que nuestro organismo no puede producir por sí solo. En el tracto digestivo, los componentes de la microbiota intestinal (antes llamada “flora”) nos ayudan a asimilar nutrientes y a hacer digeribles ciertos compuestos de los alimentos. “Sin las bacterias del tracto digestivo moriríamos por no absorber las cantidades necesarias de vitaminas”, explica el biólogo Antonio Lazcano, profesor de la Facultad de Ciencias de la UNAM (ver ¿Cómo ves? No. 165). Lazcano añade que sin los microorganismos benéficos que llevamos en el cuerpo moriríamos también “debido a las infecciones en las mucosas, en la piel, o por patógenos que normalmente no pueden proliferar gracias a la presencia de los huéspedes que siempre llevamos”. Por su parte, Agustín López Munguía, investigador del Instituto de Biotecnología de la UNAM, apunta que “los humanos tenemos sólo unos cuantos genes relacionados con enzimas que nos permiten digerir carbohidratos complejos. Con la microbiota esta capacidad se extiende a más de 100 genes”. En otras palabras, los genes de nuestros comensales microscópicos complementan a los propiamente humanos (los de nuestras células). Es más: estos microbios benignos que nos colonizan aportan más genes vitales que nuestro propio genoma: el ADN de un humano consta de unos 22 000 genes funcionales, mientras que los organismos del microbioma humano contribuyen con unos 8 000 000 de genes; es decir, 360 veces más. El microbioma ha sido llamado “el órgano olvidado”, por las importantes funciones que desempeña en nuestro cuerpo. ¿Cómo adquirimos el microbioma? La invasión se inicia desde el nacimiento.

Por ejemplo, Kjersti Aagaard Tillery, del Baylor College of Medicine en Houston, Texas, encontró que la composición de los microorganismos que habitan en la vagina cambia durante el embarazo: comienza a proliferar el Lactobacillus johnsonii, bacteria que produce enzimas digestivas y que normalmente se encuentra en los intestinos. Así, durante un parto normal el bebé quedará expuesto a éste y otros microbios que lo preparan para poder digerir la leche materna. Ésta, por cierto, alberga más de 600 especies de bacterias, según constató en otro estudio Khaterine M. Hunt, de la Universidad de Idaho, Estados Unidos.

Las bacterias que adquirimos al nacer van formando comunidades que se quedan con nosotros a lo largo de toda la vida; esto es, cambian al irse adaptando al desarrollo de nuestro cuerpo y a las condiciones en que nos encontremos, como la humedad, la temperatura, lo que comemos y los medicamentos que tomamos. Es por eso que la composición del microbioma es particular de cada individuo. Cuando se dieron a conocer los resultados del PMH, Curtis Huttenhower, uno de los investigadores del proyecto, señaló que lograron establecer que “la firma microbiana de cada persona es única, de manera muy semejante a cómo el genoma de un individuo es único”.

Fuente: Nature Review/Microbiology.

Asepsia peligrosa

Una nueva oleada de estudios busca la relación entre ciertos trastornos de la salud y la composición del microbioma del individuo que los padece. Por ejemplo, se ha observado que en las últimas décadas han aumentado notablemente, sobre todo en Estados Unidos, las alergias y la obesidad, entre otros padecimientos. El aumento coincide con un incremento en el uso de antibióticos y de otras medidas higiénicas encaminadas a evitar el contacto con microbios sobre todo en las primeras etapas de la vida. Varios investigadores sugieren que estas dos cosas están relacionadas. Agustín López Munguía observa que se detecta correlación entre el desarrollo del microbioma de un individuo y su susceptibilidad a alergias y asma. “Los niños adquieren ciertos microorganismos al pasar por la vagina al nacer, lo que marca una diferencia importante respecto a los niños que nacen por cesárea”, dice.

En abril de este año se publicó en la revista Science una investigación que ilustra el efecto del microbioma sobre la susceptibilidad a las alergias… al menos en ratones. Richard S. Blumberg y sus colegas, de la Universidad de Harvard, criaron ratones completamente libres de microbios. Los animales mostraron una tendencia pronunciada a padecer asma alérgica e inflamación de los intestinos. “El sistema inmunitario de los mamíferos se estimula ampliamente con el primer contacto con microorganismos en la etapa neonatal”, explican los investigadores, citando trabajos anteriores. Luego mencionan que este contacto temprano con microbios en los mamíferos recién nacidos fortalece el sistema inmunitario y que el efecto es duradero. Por ejemplo, y volviendo a lo dicho por López Munguía, se observa una fuerte relación entre el contacto temprano con microbios y la resistencia al asma y a la enfermedad inflamatoria intestinal.

En otro experimento, Blumberg y sus colaboradores tomaron dos grupos de ratones sin microbios, unos recién nacidos y otros adultos, y los dotaron de las bacterias que normalmente componen la microbiota del ratón. Los recién nacidos mostraron al crecer menos probabilidades de padecer asma y enfermedad inflamatoria intestinal, pero los adultos no; lo que sugiere que, en efecto, el contacto con microbios debe ocurrir en la primera etapa de la vida para aportar protección. Al parecer, la microbiota que adquirimos (o que deberíamos adquirir) al nacer y durante la primera infancia “enseña” al sistema inmunitario a no reaccionar excesivamente a ciertos alergenos.

Otras investigaciones han relacionado la composición de nuestra microbiota con la obesidad y con la diabetes. López Munguía señala que ya se ha caracterizado la microbiota de diversos tipos de individuos —niños, adultos, personas delgadas, personas obesas—, y se ha visto que los perfiles difieren en función de esos factores: “No podemos hablar de un diagnóstico directo —tal microorganismo, tal enfermedad—, pero sí de una correlación entre ciertas poblaciones bacterianas y un perfil dado”. Lo que está claro es que es importante dejar que los niños pequeños adquieran los microbios que necesitan para vivir sanos, aunque podría sonar paradójico para quienes se criaron con la idea de que los microbios son enemigos de la salud. El filósofo español José Ortega y Gasset decía “yo soy yo y mi circunstancia”. Quizá hoy podríamos añadir: “…y mi microbioma”.

Ecología médica

Los hallazgos del PMH y otras investigaciones similares, aunque de menor alcance, están provocando grandes cambios en la visión de las ciencias de la salud, esto es, cómo vemos las enfermedades y cómo concebimos el organismo humano. Ya no podemos considerarlo como algo separado de los microbios que lo habitan; como se mencionó al principio, nuestro cuerpo es más bien un conjunto ambulante de ecosistemas. La salud, se piensa hoy, depende en buena medida del equilibrio de esos ecosistemas y, por ende, de la diversidad de nuestros microbios. “Los laboratorios farmacéuticos y los médicos empiezan a confiar más en las terapias dirigidas a la microbiota y su ecología para entender los resultados de los tratamientos”, señala Katherine Lemon en un artículo publicado el 6 de junio de este año en la revista Science Translational Medicine.

Dada la gran diversidad de microbios que nos colonizan (cada región del cuerpo aloja especies tan variadas como las que hay en la selva amazónica) ahora hay que averiguar por qué algunos se vuelven patógenos. Antonio Lazcano coincide en que será vital entender qué transforma a una población bacteriana benigna en patógena, así como la manera de evitar desequilibrios en la composición de las comunidades microbianas. “La diferencia entre las bacterias Escherichia coli y Salmonella typhimurium suele ser una simple inversión en una región del ADN. La primera no es necesariamente patógena, la segunda sí”, dice Lazcano.

Esta nueva ecología médica sugiere que para la salud humana es tan importante conservar la diversidad biológica de la microbiota como conservar la diversidad de los organismos macroscópicos para la salud del ambiente. Una manera de hacerlo es no abusar de los antibióticos, que arrasan con esta biodiversidad (por eso se aconseja ingerir yogur —bacilos lácticos, que son bacterias— tras recibir un tratamiento con antibióticos). López Munguía considera que los efectos secundarios del consumo indiscriminado de estos fármacos —uno de los cuales puede ser que los patógenos se vuelvan resistentes al tratamiento— son tan graves como el efecto directo de destruir la microbiota. “Si la gente supiera todas las funciones benéficas que tienen estas bacterias en nuestro organismo”, dice el investigador, “lo pensaría dos veces antes de tomarse un antibiótico”.

El PMH no habría sido posible sin las modernas técnicas de secuenciación del ADN ni los avances en la capacidad de las computadoras. Juntos, estos adelantos nos permiten analizar e interpretar los resultados de tales pesquisas metagenómicas. Los resultados están revolucionando nuestro conocimiento del organismo humano y también la manera de entender muchas enfermedades, así como los tratamientos para combatirlas. En particular, esta línea de investigación podría darnos terapias para prevenir o incluso curar trastornos como alergias, asma, enfermedad inflamatoria intestinal, obesidad y hasta esclerosis múltiple y otras enfermedades autoinmunes.